Sasaki Peter

pharmaceutical programmer

Biocondaの入れ方

2019-02-05 Sasaki Peterbio-infomatics

Biocondaとは

biocondaとはAnacondaMinicondaでインストールできるディストリビューションの内、バイオ系に特化したチャンネルのことを指す。そのため、あらかじめcondaが使えるようにしておく必要がある。

インストールの仕方

最初にMinicondaを入れる。

バイオ系のパッケージはdefaultsのチャンネルには見つからない。

$ conda search ngmlr

configコマンドでbiocondaのチャンネルを追加する。

$ conda config --add channnels conda-forge
$ conda config --add channnels defaults
$ conda config --add channnels r
$ conda config --add channnels bioconda

以上のコマンドで優先順位が下から順番になる。すなわち、最優先チャンネルがbiocondaで、最後がconda-forge。扱っている数が少ない順。

defaultのチャンネルよりも、conda-forgeチャンネルの方が扱っているパッケージ数が多い。

以下のコマンドでも良い。

$ conda config --append channnels conda-forge
$ conda config --add channnels r
$ conda config --add channnels bioconda

削除したいときは--add--removeに、最後(優先順位低)に追加したいときは--appendに変える。

現在のチャンネルの確認方法

$ conda config --get channels

システムワイドも見られるが、こちらはいじらない方が良い。

$ conda config --get channels --system

個人環境の方は

$ vi ~/.condarc

でも編集できる。