Be the one.
Peter Blog
良いバリデーションとは？
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3D記述子について
ケモインフォの特徴量はよく記述子といい、分子から計算した科学的物性を数値化したものを扱う。たまに、計算できないものがあるから、なんでだろうと思って調べたときのメモ。 2D記述子 ATS系 Moreau-broto Autocorrelation（ Autocorrelation…
Kaggle入門
kaggleに入門したときのメモ。 GCP GCP上で計算するのが通のkagglerらしい。 Big Query Compute Engine VMインスタンス インスタンスを生成する コア4 メモリ3…
回帰モデルの評価指標
回帰問題の評価指標を紹介する。 決定係数 R^2 定義が色々あるのかもしれないが、回帰で最もよくみる評価指標。相関係数とは違う。 分類器でいうところのROC-AUCのような立ち位置だと勝手に思っている。 寄与率とも呼ばれるらしい。…
XGBoostについて
概要 XGBoostとは、Gradient Boosting…
サポートベクトルマシン(SVM)について
概要 ランダムフォレストやXGboost…
ランダムフォレストについて
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分類と回帰
分類は目的変数が名義尺度 回帰は目的変数が連続尺度などの量的変数
Django認証
Djangoの認証機能の実装 ログイン後にリダイレクトするURLを設定することができるらしい。 Settings.py また、汎用ビューを使用する場合はurls.pyに次のビューを追加する必要がある。 urlと書いてあるが、これは認証関連のビュー。 Django-private…
Django RESTful APIについて
公式のチュートリアルやってたときのメモ。 いい感じに書き下したviews.py例 とてもわかりやすい。 このようにして、一つのviewの中で、headerの情報から、別の走査を行うのがREST。ちょっと違うけど。 クラスベースのAPIView…
DIGITSについて
DIGITS DIGITSっていうのは、NVIDIAが作成した画像の転移学習ができるプラットフォーム。 TL; DR 最初は自分でDIGITS…
Dockerの使い方
Docker docker に入門したときのメモ。 DockerHubからdockerイメージを取得して、ローカルに保存。のちにdockerイメージからコンテナを起動するコマンド。 コマンドは、、をまとめたもの タグ指定の方法 Docker…
DockerでDjango用のNginxサーバーを構築する
ただの落書き。 こんなものを作ろうとしていた。 docker-compose使うときは みたいにして、django.webでEXPOSE 800…
DjangoをHerokuにデプロイする
Djangoを Heroku上で動かしたい DjangoをHerokuにデプロイするのはそんなに大変じゃないんだけど、データベースをちゃんと使えるようにするのに割と苦労した時のメモ。 環境変数一括設定 Heroku上のvariablesをimport HerokuをCLI…
F1-score
F値とは 分類問題における予測性能の評価尺度の一つで、感度（再現率）と精度（陽性的中率、適合率）の調和平均で表される。 scikit-learnの学習器の中には、デフォルトの評価指標がF値であるものがあったような気がするが、F値は分母に…
MoMI-Gの使い方
MoMI-Gとは ロングリードのSV検出に使える可視化ツールである 構造変異（SV） 挿入（Insertion） 欠失（Deletion） 逆位（Inversion） 転座（Translocation） Overall View Overall View…
ROC-AUCについて
ROC-AUCとは 普通AUCといえば、薬学生なら誰もが血中濃度曲線下面積を想像するだろう。 しかし、同じArea Under Curveでも分類問題のときはROC-AUCというのをよくモデルの性能の評価指標として用いる。 ROC曲線の意義と見方 ROC…
主成分分析(PCA)について
PCAとは 主成分分析（Principle Component Analysis）とは次元圧縮の手法の一つ。 分散が最大となるような主成分（軸）を見つける。仮定した軸との残差平方和が最小になるようにすることで、主成分を探索することができる。 sklearn…
次世代シーケンサーについて調査
NGSについて勉強したときの残骸。 第一回 Windows上でUbuntu環境を構築する 仮想化ソフト VMware Player VirtualBox Bio-Linux FastQC, Picard→NGSデータのクオリティコントロール、フィルタリング Abyss…
JSとPythonのクロージャについてまとめ
JSとPythonの比較 上は動作するけど、下はエラー吐く。 Python自体は嫌いじゃないけど、変数宣言と代入が同じ記述なの嫌い。
Macの設定コマンド集
随時更新 Finder 隠しファイル表示
p5.js始めるよ
p5.jsとは processingというJavaでできたプログラムのJavaScriptへの移植版。 個人的にp5.jsはプログラミングの入門に丁度いいと思っている。 p5.js始め方 かどちらかでいい。
Sniffles
Snifflesとは SnifflesはDNAの構造変異(Structure Variant: SV)の検出に用いるOSS。 SV検出の前に、シーケンサーから出力されたDNA…
クロージャって何？
クロージャとは たまによく聞くクロージャ。人に説明できないので、まとめてみた。 呼び出す度に、1,2,3…となる関数を作る。 みたいなことができる、状態を持っている、保持することができる関数のことをクロージャというらしい。 React…
Linuxサーバーでzsh使いたい
ssh接続したLinux上だとbrew使えないし、その代替品を入れたりコマンドを使う権限がない場合、ssh接続先で自分でコンパイルしないといけないので少々面倒。 ローカルではzsh使えるようにしても、いざLinuxサーバーに入ると、bashになってしまって悲しい。 Iceberg…
Django入れ方等
Python本体とpipenvを入れる mac windows pythonは入っている前提でpipenvを入れる場合 参考 windowsでは、python自体はchocolateyを使うと楽 Powershellから以下のコマンドを実行 そして、次のコマンドでPython…
Biocondaの入れ方
Biocondaとは biocondaとはAnacondaやMinicondaでインストールできるディストリビューションの内、バイオ系に特化したチャンネルのことを指す。そのため、あらかじめが使えるようにしておく必要がある。 インストールの仕方 最初にMiniconda…
ターミナルの設定
MacOSで使用しているターミナルの設定を紹介する。 Homebrewを入れる ここでコマンドでインストールするものは、最初にまとめて入れておくと良い。 Rictyフォントを入れる あとは、Terminal.app…
NGSについて
バイオの世界に、次世代シーケンサ(Next Generation Sequencer: NGS…
